Uns ist kein Fall bekannt, dass E-Mails in Exchange einfach - ohne äußeren Einfluss - verschwinden.
 
Mögliche Ursachen können sein: Hinweis zu Shared Mailboxen: Elemente die gelöscht wurden können im persönlichen Ordner Gelöschte Elemente des Löschenden als auch im Ordner Gelöschte Elemente der SharedMailBox liegen. Im Fall von einer Shared Mailbox sehen Sie in allen Papierkörben nach.

Sollten trotz der Suche der verschollenen E-Mails nicht mehr gefunden werden, so schreiben Sie eine E-Mail an exchange@fau.de und beschreiben Sie möglichst genau welche Inhalte Sie seit wann vermissen.